DNAとかをbashでくるくる表示

matoken Linux

動画を見ると楽しそうだし真似してみようと．scriptを入手．中を見ると .fa というファイルが必要なよう．

$ wget http://biosyntax.org/drawHelix.sh
#!/bin/bash
#
# drawHelix.sh <input.fa>
#
# Reads a fasta input file and stream a B-Form DNA
# helix with the sequence to STDOUT
#
##    __     __   __           ___
###  |__) | /  \ /__` \ / |\ |  |   /\  \_/
#### |__) | \__/ .__/  |  | \|  |  /~~\ / \

*.fa は FASTA というソフトウェアの形式らしい．FASTA はシーケンスアライメントを行うソフトウェアらしい．
ソフトウェア自体もヴァージニア大学のsiteから入手できるようだけどWikipediaにページに例があったので今回はそれを使ってみる．

$ echo '>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]
LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV
EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG
LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL
GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX
IENY' > test.fa
$ bash drawHelix.sh test.fa

そしてこんな感じに．

🏛️

macOSの場合は要patchだそう

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