DNAとかをbashでくるくる表示

2018-01-082018-01-08 matoken Linux

Holidays are a productive time, I wrote a bash script w
hich converts fasta files to a scrolling DNA helix. Enjoy 8D https://t.co/BKyaHPbkRm 🏛️#bioinformatics #DNA 🏛️ #pixelart 🏛️ pic.twitter.com/j1MXG44JPu 🏛️
— hackseq (@hackseq) 2018年1月2日

動画を見ると楽しそうだし真似してみようと．scriptを入手．中を見ると .fa というファイルが必要なよう．

$ wget http://biosyntax.org/drawHelix.sh
#!/bin/bash
#
# drawHelix.sh <input.fa>
#
# Reads a fasta input file and stream a B-Form DNA
# helix with the sequence to STDOUT
#
##    __     __   __           ___
###  |__) | /  \ /__` \ / |\ |  |   /\  \_/
#### |__) | \__/ .__/  |  | \|  |  /~~\ / \

*.fa は FASTA というソフトウェアの形式らしい．FASTA はシーケンスアライメントを行うソフトウェアらしい．
ソフトウェア自体もヴァージニア大学のsiteから入手できるようだけどWikipediaにページに例があったので今回はそれを使ってみる．

$ echo '>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]
LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV
EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG
LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL
GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX
IENY' > test.fa
$ bash drawHelix.sh test.fa

そしてこんな感じに．

macOSの場合は要patchだそう

sed on mac is a pain. Fix is in line 70.
On mac: Rem
ove the trailing hyphen (STDIN is default) and replace \n with a literal newline pic.twitter.
com/fEhO2c99ou 🏛️
— Heiko Horn (@hornheiko) 2018年1月2日 🏛️

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