> byobu-screenでは enable-bracketed-paste on しても利用できない?
出来ないですね。端末エミュレータの機能の一つであるBracketed Paste Modeを利用しているので、端末エミュレータ(この場合はscreen)が対応していないと使えません。

> tmuxでのCtrl+b Ctrl + ] での貼付け時には無視される?
デフォルト設定では使えませんが、キーバインドを変更すれば使えるようになります。

bind-key -T prefix ] paste-buffer -p