DNAとかをbashでくるくる表示

Holidays are a productive time, I wrote a bash script w
hich converts fasta files to a scrolling DNA helix. Enjoy 8D https://t.co/BKyaHPbkRm#bioinformatics #DNA #pixelart pic.twitter.com/j1MXG44JPu

— hackseq (@hackseq) 2018年1月2日

動画を見ると楽しそうだし真似してみようと．scriptを入手．中を見ると .fa というファイルが必要なよう．

$ wget http://biosyntax.org/drawHelix.sh
#!/bin/bash
#
# drawHelix.sh <input.fa>
#
# Reads a fasta input file and stream a B-Form DNA
# helix with the sequence to STDOUT
#
## __ __ __ ___
### |__) | / \ /__` \ / |\ | | /\ \_/
#### |__) | \__/ .__/ | | \| | /~~\ / \

*.fa は FASTA というソフトウェアの形式らしい．FASTA はシーケンスアライメントを行うソフトウェアらしい．
ソフトウェア自体もヴァージニア大学のsiteから入手できるようだけどWikipediaにページに例があったので今回はそれを使ってみる．

UVA FASTA Downloads

FASTA – Wikipedia

$ echo '>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]
LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV
EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG
LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL
GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX
IENY' > test.fa
$ bash drawHelix.sh test.fa

そしてこんな感じに．

macOSの場合は要patchだそう

sed on mac is a pain. Fix is in line 70.
On mac: Rem
ove the trailing hyphen (STDIN is default) and replace \n with a literal newline pic.twitter.
com/fEhO2c99ou

— Heiko Horn (@hornheiko) 2018年1月2日