＜追記＞
69.0.3497.92 で修正された
chrome://flags/#omnibox-ui-hide-steady-state-url-scheme-and-subdomains を「Default」に戻してもサブドメインが省略されないのを確認 :)
＜／追記＞
Google Chrome 69 で アドレスバーの表示が変わりました．例えば www.matoken.org で www が見えなくなり，matoken.org と表示されるようになりました．
更に，www.hoge.www.matoken.org は hoge.matoken.org に見えるというおそらくバグであろう挙動も><
Workaround として，chrome://flags/#omnibox-ui-hide-steady-state-url-scheme-and-subdomains を Disabled にすると以前の挙動になります．
Chromium 69.0.3497.81-3 は既定値で以前と同じ動作のようです．
環境
$ dpkg-query -W google-chrome-stable chromium chromium 69.0.3497.81-3 google-chrome-stable 69.0.3497.81-1 $ lsb_release -d Description: Debian GNU/Linux unstable (sid) $ uname -m x86_64