FreeMindをDebian jessieに導入しようとしたらパッケージが見当たりません． 探してみるとメンテナンスされてないからjessie/sidから消されたようです．
We have Freeplane which is actively maintained and roughly equivalent in features.
でもFreeplaneというメンテされている似たものがあるよということでこれを試してみることにしました．
＃ちなみにFreeMindのsiteを見るとstableのリリースが2013年で1.0.1．その後1.1.0-Beta1が2015年1.1.0-Beta2が2016年に出ていて，Debianでは0.9.0だったようです．
FreeplaneはどうもFreeMindのフォークのようです．見た目も使い勝手も似ています．JAVA製でマルチプラットホームなのも同じです．
導入はパッケージがあるのでそれを利用しました．
$ sudo apt install freeplane起動ロゴ……何だろうこの虫?は．
初回起動時にはWhats Newが表示されました．
少し日本語が豆腐になってしまっている場所がありましたがフォントを日本語フォントに変更することで解決しました． 後はチュートリアルとかに目を通しておくと良さそうです．
チュートリアルなどのドキュメントは/usr/share/freeplane/doc/辺りにありました．
$ ls -1 /usr/share/freeplane/doc/*_ja.mm
/usr/share/freeplane/doc/freeplaneFunctions_ja.mm
/usr/share/freeplane/doc/freeplaneTutorial_ja.mm
/usr/share/freeplane/doc/freeplane_ja.mm
未だそんなに使っていませんが，FreeMindと同じような操作性だし以前書いた.mmも読めるようなのでそのまま移行できそうです．
<追記>
Ubuntu 16.10 amd64(今は未だリリース前)にも入れてみましたが起動しませんでした．とりあえず本家から.zipを貰ってきて動かしています．一応報告はしてみました．
</追記>